深圳清华实验学校于2002年春季开始投入建设，2002年9月1日正式开学。学校由深圳清华大学研究院、北京清华附中、清华附小和深圳航空城（东部）实业有限公司四家作为股东，为国有民办体制，实行走读、寄宿双制管理的十二年一贯制实验学校。